Die 18-jährige Elise Heinrich, die in Werder (Havel) wohnte, erfuhr von ihrem Bruder aus Dolgenbrodt von Wirken der Apostel in der neuapostolischen Kirche, welches sie daraufhin selbst erleben und prüfen wollte. Manchmal sogar zu Fuß besuchte sie die Gottesdienste in Potsdam in der dortigen Gemeinde, obwohl das Elternhaus dieses verhindern wollte. Dennoch wurde sie im November 1899 von Stammapostel Friedrich Krebs versiegelt. Nach einiger Zeit wandten sich auch ihre Eltern dem neuapostolischen Glauben zu. So konnten die Brüder vor Ort Besuche durchführen, zu denen ab 1901 auch Nachbarn eingeladen wurden. Der Bräutigam von Elise Heinrich, Otto Sanitz, wurde 1902 versiegelt. Weihnachten 1904 heirateten sie. Ab 1920 fanden in ihrer Wohnung Evangelisationsgottesdienste statt, ab 1922 Sonntag nachmittags. Otto Sanitz wurde 1923 zum Unterdiakon ordiniert. Die Verantwortung für die Werderaner Geschwister lag beim Bezirksältesten Arthur Rushack. Im Januar 1926 wurde die erste Seele in Werder (Havel) versiegelt, dieses gilt nun als Gründungsdatum der Gemeinde Werder (Havel). Bis zum Ende der 40er Jahre wuchs die Zahl der Geschwister auf 47, und auch ein kleiner Chor hatte sich gegründet. Die Gottesdienste fanden in der Wohnung der Familie Sanitz, Potsdamer Straße 40, statt.

1950 wurde ein Raum auf dem Hinterhof Am Markt 22 gefunden, der für gottesdienstliche Zwecke hergerichtet werden musste, aber nach vielen Mühen 1951 bezugsfertig war und von Apostel Arthur Landgraf geweiht wurde. Gleichzeitig wurden Brüder zur Kinder- und Jugendpflege berufen. 1952 wurde Priester Paul Radmacher aus Potsdam als Vorsteher beauftragt, nachdem er bereits seit 1949 die Gemeinde betreut hatte. Gleichzeitig wurde der spätere Diakon Max Rauter als Dirigent eingesetzt. Diesen Dienst versah er noch über seine Ruhesetzung 1975 hinaus. 1960 war die Gemeinde auf über 70 Seelen gewachsen, das Einzugsgebiet reichte von Geltow bis Glindow und von Plötzin bis Bliesendorf. 1975 wurde Vorsteher Paul Radmacher in Ruhe gesetzt und Priester Heinz Sanitz als sein Nachfolger beauftragt. 1981 erhielt Priester Horst Schippling aus Potsdam den Auftrag, als neuer Vorsteher die Gemeinde Werder (Havel) zu leiten. 1984 fand die erste Weihnachtsfeier im Altersheim Kesselgrund für unsere dortigen Geschwister und Gäste statt. 1986 wurde der Kirchenraum Am Markt 22 umgebaut und renoviert. Im März 1987 wurde mit der Durchführung von Gottesdiensten im Altersheim begonnen. Ein erstes Sommerfest auf dem Grundstück der Familie Sanitz fand am 11.09.1988 statt. Ab 1990 gab es Kontakte zu Menschen aus der UdSSR, die zum Teil auch unsere Gottesdienste und Chorsingen besuchten. Sie kehrten jedoch bald in ihre Heimat zurück. Seit November 1991 wurden im Seniorenheim Wachtelwinkel Gottesdienste durchgeführt, nachdem das Altersheim am Kesselgrund geschlossen worden war. Der Versammlungsraum auf dem Hinterhof wurde von den Geschwistern in über 40 Jahren immer mit viel Liebe und Mühe hergerichtet. Dennoch standen die stetig steigenden Mietforderungen der letzten Jahre in keinem Verhältnis mehr zum aktuellen Zustand des Raums, zudem gab es weder Nebenräume noch sanitäre Anlagen. Der Raum musste aufgegeben werden. Die Suche einer anderen Versammlungsstätte war erfolglos. Die Gemeinde Werder (Havel) wurde ab 28.07.1993 der Gemeinde Groß Kreutz zugeordnet. Ein Teil der Geschwister wurde nach Potsdam überwiesen.

Die Gemeinde Groß Kreutz wurde 1950 gegründet und von der Gemeinde in Brandenburg a. d. Havel unterstützt. Am 01.09.1991 wurde eine neue Kirche für die Gemeinde Groß Kreutz Am Scheunenplatz 9 geweiht, der Priester Manfred Priefert aus Uetz als Vorsteher diente. Hier fanden nun auch die Werderaner Geschwister ein neues Zuhause. Ein lebendiges Gemeindeleben mit Gottesdiensten, Kinder- und Jugendbetreuung, Chor und Instrumentalgruppen sowie Grundstückspflege und vor allem Seelsorge entwickelte sich. Das Seniorenheim am Wachtelwinkel in Werder (Havel) wurde weiter hin von Groß Kreutz aus betreut. Im Januar 2005 wurde Evangelist Udo Schultz als neuer Vorsteher für die Gemeinde Groß Kreutz beauftragt, gleichzeitig auch für die Station Werder (Havel), das Seniorenheim Wachtelwinkel und ein weiteres Seniorenheim, das von der Gemeinde Potsdam betreut wurde.

Wegen des Aussiedlerstroms aus der ehemaligen Sowjetunion nach Deutschland wurde auch in Werder (Havel) ein Aufnahmeheim eingerichtet. Im Oktober 1996 fand eine erste Informationsveranstaltung über die NAK unter Leitung der Apostel Hans-Jürgen Berndt und Alexander Malyschew in der Aufnahmeeinrichtung statt. Ab November 1996 wurden regelmäßig Sonntagsgottesdienste und von Zeit zu Zeit Musikveranstaltungen durchgeführt.

Einige Zeit später konnte ein Betriebsgebäude als Gottesdienstraum hergerichtet werden. Betreut wurde die Station durch die Gemeinde Potsdam, insbesondere durch Evangelist Jürgen Tesch (später Hirte und Vorsteher in Potsdam), Priester Markus Tesch (jetzt Vorsteher und Hirte in Potsdam) und Priester Rainer Lehmann. Durch die Bemühungen von Priester Wilhelm Möllemann aus Potsdam und Herrn Rainer Mahler, dem damaligen Vermieter, konnten 1999 im „Haus Frühling“, Berliner Straße 109, Räume für eine Versammlungsstätte für die mittlerweile 30 Geschwister der Station Werder (Havel) angemietet und hergerichtet werden. Am 15.08.1999 fand die Weihe durch Apostel Hans-Jürgen Berndt statt. Nachdem Evangelist Udo Schultz 2005 von Bezirksapostel Fritz Schröder auch als Vorsteher für die Station Werder beauftragt wurde, erhielt diese in einem Festgottesdienst im Juli 2007 durch den Bezirksapostel Wolfgang Nadolny wieder den Gemeindestatus. Für die Gemeinde Groß Kreutz wurde Bezirksevangelist Udo Golz als Vorsteher beauftragt. Die meisten Geschwister aus dem Stadtgebiet Werder (Havel) besuchten nun wieder die Gottesdienste in ihrer Heimatstadt.

2009 wurde innerhalb des „Haus Frühling“ eine ebenerdige und größere Räumlichkeit gefunden, umgebaut und im Mai im Beisein des Bürgermeisters Werner Große vom Bezirksapostel Wolfgang Nadolny geweiht. Nach der Schließung der Gemeinde Groß Kreutz 2015 kamen auch etliche Geschwister nach Werder (Havel). 2017 wurden zwei weitere Nebenräume angemietet und umgebaut, so dass sie nun als Kinderräume und als Küche genutzt werden können. Bedingt durch die Corona-Pandemie wurde 2020 Übertragungstechnik installiert, mit der die Gottesdienste per IPTV übertragen werden können, vor allem für die Geschwister, die nicht in die Gottesdienste kommen können. Am 05.11.2022 wurde Evangelist Udo Schultz in Ruhe gesetzt und Priester Robert Sanitz als Vorsteher beauftragt. Ihm stehen derzeit ein priesterliches Amt und ein Diakon sowie zwei Gemeindehelfer zur Seite. Verantwortliche für Musik, Kinderunterrichte, Jugend- und Seniorenarbeit und für die Kirchenpflege versehen ebenso ihre Dienste.

Zur Gemeinde zählen derzeit 60 aktive Mitglieder, davon 35 % Senioren, 40 % Erwachsene sowie 25 % Kinder und Jugendliche. Die Gemeinde gehört zur Gebietskirche Nord- und Ostdeutschland im Kirchenbezirk Berlin-Brandenburg-West.